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办公室/财务室
归口管理中心行政、人事、财务、后勤工作；负责工会工作；负责纪检监察工作；负责环评项目和竣工验收项目的档案管理工作。
负责中心财务管理工作，拟定公司经费预决算、财务、资产管理、内部审计等方面的规章、制度并监督执行；负责提出资金安排意见并做好组织实施和监督工作；管理并监督政府采购和固定资产管理工作；组织编报、审核汇总财务预算、决算工作；承担公司各项经费会计核算和资产管理工作；负责内部审计和财务档案管理工作。
技术部
负责建设项目环境影响评价文件等技术评估和审查的受理、分派和督办工作；归口管理环境影响评价文件技术评估技术审查的质量保证工作；负责评估中心专家委员会和专家库的日常管理；
综合部
负责受理全州建设项目环境影响评价文件审批前的技术审查工作及开展建设项目境保护技术咨询服务；负责项目审查、现场踏勘的组织工作；负责项目技术评估报告编写及初审；负责中心内部会议的组织筹备，做好文秘工作，起草综合性文件；负责中心项目资料库管理，做好保密工作；负责竣工环保验收调查报告技术评估和审查的受理、分派和督办工作；归口管理竣工环保验收调查报告技术审查的质量保证工作；负责生态类建设项目竣工环境保护验收调查报告技术审查工作；
